Ministerstwo Finansów w piśmie z dnia 8 kwietnia 2014 r. przekazanego do organów skarbowych rekomenduje urzędom skarbowym dokonywanie szybszego zwrotu podatku VAT z tej części, która nie budzi wątpliwości i nie jest kwestionowana co do zasadności zwrotu, natomiast wstrzymywanie wypłaty tylko tej kwoty co do której musi być prowadzona kontrola bądź prowadzone czynności sprawdzające.
W takiej sytuacji – wskazuje Ministerstwo Finansów – właściwym postępowaniem jest wydanie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu całej kwoty zwrotu i zatrzymanie jedynie kwoty budzącej wątpliwość co do jej prawidłowości oraz dokonaniu zwrotu pozostałej (bezspornej) części zwrotu.
Należy bowiem zauważyć, że art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o podatku od towarów usług, nie stanowi podstawy prawnej do przedłużenia terminu części zwrotu.
Mając na względzie art. 99 ust. 12 ww. ustawy, zgodnie z którym kwotę zwrotu różnicy podatku przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej (chyba, że naczelnik urzędu skarbowego lub organ kontroli skarbowej określi ją w innej wysokości), przedłużenie terminu dotyczy wyłącznie całości zwrotu w kwocie wykazanej w deklaracji.
Ponadto, w odniesieniu do dokonywania w ww. przypadku bezspornej części zwrotu, przepisy ustawy o VAT nie stoją na przeszkodzie takim praktykom. Określają one jedynie ostateczne terminy, w jakich należy dokonać zwrotu całości należnej kwoty. Nie precyzują natomiast, że zwrot musi być wypłacony jednorazowo. Istotne jest, aby ostatecznie całość faktycznie przysługującego zwrotu została dokonana w zgodzie z obowiązującymi przepisami.
Kwestia, czy organ podatkowy może dokonać częściowego zwrotu nadwyżki podatku VAT nie jest też problemem prawnym, który mógłby być rozpatrywany na gruncie Ordynacji podatkowej, lecz wymaga każdorazowo właściwej oceny ryzyka związanego z koniecznością wypłaty oprocentowania – pisze Ministerstwo Finansów w swoim piśmie.
źródło: www.mf.gov.pl